Маргарита Еськина, уроженка Санкт-Петербурга, закончила в родном городе музыкальное училище имени Римского-Корсакова, где занималась фортепиано, органом и клавесином. Интерес к игре на этих инструментах стал причиной поступления в 2002 году в РАМ имени Гнесиных в класс органа профессора А. В. Фисейского. В 2011 году там же была окончена аспирантура.

За годы обучения в РАМ Маргарита Еськина стала дипломантом международного конкурса органистов (Санкт-Петербург, 2005) и лауреатом открытого конкурса органистов (Санкт-Петербург, 2007), после обучения — обладателем спецпремии «Надежда Отечества» международного конкурса органистов имени Таривердиева (Москва-Калининград, 2011), обладателем спецпремии «Torre di Babele» международного конкурса молодых органистов Soli Deo Gloria (Москва, 2012).

С 2013 года является участником ансамбля стариной музыки «Pfeyffer», специализирующегося на исполнении музыки Средневековья и Ренессанса.

В различное время сотрудничала с ведущими музыкантами и коллективами Москвы: Сергеем Полтавским (альт, виоль д’амур), Татьяной Барсуковой (сопрано), солисткой Большого Театра Александрой Дурсеневой (контральто), Артемом Дервоедом (гитара), Дмитрием Муриным (гитара), Натальей Тимофеевой (виола да гамба), ансамблем духовной музыки «Благовест», хоровой Капеллой имени Юрлова.

Стажировалась и участвовала в мастер-классах видных органистов и клавесинистов: К. Стембриджа, Ги Бовэ, Й Лаукквика, В. Церрера, М. Бёккера, Д. Ротта, Б. ван Асперена, К. Хаугсанда, Э. Жуайе, Д. Голдобина и др.

В 2019 году Маргарита по приглашению А. Кончаловского осуществила запись музыкальных эпизодов для фильма «Грех»: на большом органе и органе-портативе были записаны сочинения А. Каваццони и Дж. Габриэли.

В ноябре 2022 года Маргарита Еськина стала лауреатом третьей премии Международного конкурса клавесинистов имени Майкапара.